Scenerią filmu jest utopijne państwo totalitarne Timoka, leżące gdzieś w Europie. Posiada ono własny, dziwny język, starannie izoluje się od przybyszy, a po jego ulicach jeżdżą czołgi. Docierają tu dwie siostry, którym towarzyszy syn jednej z nich - Johan. Bohaterki bardzo się od siebie różnią: Anna jest hedonistyczna i zmysłowa, Ester intelektualna i opanowana. Te różnice są głównym powodem konfliktu, jaki się między nimi rozgrywa. Jego świadkiem jest mały Johan - to jego oczami obserwujemy świat będący czymś na kształt przerażającego labiryntu.
"Milczenie" kończy cykl filmów Ingmara Bergmana poświęconych stosunkowi człowieka do Boga.